Geles

Este es un post que iba a escribir cuando aún estaba un poco molesto por los hechos, pero justo por eso decidí que no era prudente escribirlo en aquel entonces sino dejar que se presentara una mejor ocasión para hacerlo.

Ahora tengo unos minutos varios para usarlos en esto.

La primera cosa que aprendí a hacer al interior de un laboratorio (hijole, ya me di cuenta que estaba a punto de mentir de manera no intencional) corrijo, lo primero que aprendí al iniciar mi formación formal en el laboratorio antes de empezar el doctorado, pero ya enfilado a esa carrera fue a preparar geles de poliacrilamida para separar proteinas por su peso molecular.

Aqui es donde los aburro con como funciona la técnica, en una de esas aprenden algo nuevo que además les va a servir para brillar en sociedad:

Las proteinas en su estado natural tienen estructuras muy variadas independientemente del tamaño que tengan, para complicar mas las cosas distintas proteinas tienen distintas cargas eléctricas. El asunto es que si uno necesita separarlas de acuerdo a su peso utilizando electricidad se necesita cumplir con dos requisitos: Destruir el "estado natural" de la proteína de tal modo que todas las proteinas tengan la misma forma (la de una cadena linear de aminoácidos) y darles a todas las proteinas la misma carga eléctrica. Y claro un "filtro" para hacer correr las proteinas en cuestión.

Pues resulta que si uno prepara una gelatina de acrilamida (un compuesto que polimeriza con un tamaño de poro constante relativo a la concentracion de acrilamida en la solución) puede uno obtener un "colador de proteina" en el cual las proteinas de mayor tamaño tienen mas trabajo al atravesar el gel que las de menor tamaño.

El otro componente resulta de hervir las proteinas en un detergente llamado SDS (muy parecido al lauril sulfato de sodio que hay en todos y cada uno de los shampoos allá afuera). El SDS tiene una fuerte carga electronegativa, asi que al hervir las proteinas en él, estas se desdoblan y quedan rodeadas de una carga negativa. Voilá.

El resto del show es poner la muestra de proteinas en la parte de arriba del gel, hacer correr una corriente eléctrica a través del gel, (con el polo positivo en la parte inferior del gel) y esperar a que las proteinas negativamente cargadas migren al interior del gel separandose de acuerdo a su tamaño.

(Hay otras sutilezas como los puentes disulfuro y la glicosilación que complican las cosas, pero no es algo que nos interese por el momento)

Después de ilustrarlos y aburrirlos, pero ya bien preparados para brillar en sociedad sigamos: Ultimamente el grueso de mi trabajo en este labo es correr geles, y me sorprende lo bueno que me he hecho para preparar geles y llevar los experimentos hasta el final (nuevamente la técnica completa es mas compleja e involucra hacer migrar las proteinas del gel a una membrana y luego detectar las proteinas de interés con anticuerpos específicos). Y es algo que nunca pensé que sucedería, durante el doctorado batallé horrible para lograr geles que mostraran las cosas que se supone debían mostrar, pero ahora las cosas funcionan, no solo funcionan sino que también es posible modificar pequeños detalles para ir mejorando los resultados. No cabe duda que la práctica es mágica.

El lunes tenía que correr cinco geles y en el laboratorio solo tenemos capacidad (por el momento) de correr 6 geles en tres cámaras de dos geles cada una. Y para mi mala suerte alguien mas iba a correr un gel el lunes por lo que mis cinco geles se iban a tener que esperar a que se liberara la tercera cámara para poder hacer todo en simultaneo.

Y el dichoso gel corria y corria y corria y no avanzaba, y pasaron cuatro horas (lo normal es que tarden una hora en estar listos) y finalmente la persona que estaba corriendo el gel me dijo que no entendía porque se había tardado tanto y que la disculpara.

El lunes me fui de aqui como a las diez de la noche con cuatro horas de retraso.

Pero la cosa es que todo fue un incidente debido a la falta de experiencia de esa persona al correr su gel. Había una fuga eléctrica en el tanque, y la corriente eléctrica en lugar de circular a través del gel se estaba perdiendo en el sistema de manera no eficiente.

El lunes hasta antes de darme cuenta del error que había cometido esta chava estaba muy enojado, pero después de ubicar el problema y de señalarlo (creo que no se repetirá) simplemente se me pasó completamente el coraje y lo único que me interesaba era poder terminar con mi chamba.

Algo hay en el saber como funcionan las cosas o en el conocer los porques de las cosas que me tranquiliza, seguramente es todo parte de la ilusión de control, de esta idea que la información nos es útil, me gusta la idea de vivir un Universo que a pesar de estar completamente basado en el azar es lo suficientemente determinista como para dejarnos ver un poco de sus mecanismos de funcionamiento.

El lunes este era otro post, con el mismo tema, el de los geles de poliacrilamida.

En general es raro escribir posts que hablen directamente de mi trabajo, siento que no necesariamente terminan hablando mucho de mi, simplemente son parte de los elementos que me conforman pero que no necesariamente soy yo, no sé. Se crea uno imágenes acerca de que cosas caben en este blog.

Por el momento en este blog cabe este post acerca de geles de poliacrilamida.